Durante el régimen porifirista, el gobierno mexicano intensificó las relaciones diplomáticas con Japón, firmando un histórico tratado comercial en 1888. Un hecho que sirvió como antecedente inmediato para que esto fuera posible, fue la visita del científico mexicano Francisco Díaz Covarrubias a tierras niponas para presenciar un importante evento astronómico.
En 1874 la Comisión Astronómica Mexicana, encabezada por Francisco Díaz Covarrubias, viajó a Japón para observar el tránsito de Venus frente al disco solar (lo cual ocurre sólo dos veces cada siglo); con el objetivo de calcular con exactitud la distancia entre el Sol y la Tierra. Los mexicanos lograron hacer dicha observación en Yokohama. Japón no admitía en aquel tiempo que los extranjeros vivieran fuera del territorio de concesión. Sin embargo, el Gobierno japonés no sólo autorizó al grupo de observadores mexicanos, con todas las facilidades posibles, sino a demás envió dos oficiales, un estudiante de marina y un funcionario del Ministerio de Educación, como asistentes a la observación del astro. Tras la expedición, Francisco Díaz Covarrubias realizó una detallada descripción de la sociedad, economía y política japonesa, dando su punto de vista sobre la conveniencia de entablar relaciones diplomáticas y comerciales con Japón, así como facilitar y promover la inmigración japonesa hacia territorio mexicano.
Tras varias negociaciones, los gobiernos de México y Japón acordaron en 1888 un Tratado de Amistad, Navegación y Comercio, el primero en su tipo firmado por Japón en condiciones de igualdad. Las negociaciones se llevaron a cabo en Washington a través de los representantes de cada país. Este tratado fue firmado en Washington el 30 de noviembre de 1888, por los ministros Mutsu Munemitsu y Matías Romero. El Tratado de Amistad, Navegación y Comercio entre México y Japón entró en vigor en junio de 1889 en ambos países. En octubre de 1891 se formó el primer consulado del Japón en México.
Anteriormente, Cuando Japón fue obligado por los Estados Unidos a abrir sus puertos comerciales en 1854, el gobierno japonés no tuvo más opción que ceder ante la presión militar de Matthew C. Perry y sus buques de guerra que amenazaban las costas japonesas, y firmar tratados desiguales con los Estados Unidos y otras potencias occidentales. Un elemento común en estos tratados era el sentido de extraterritorialidad, el cual le daba inmunidad a los ciudadanos extranjeros en territorio japonés. Sin embargo, en el tratado firmado por México y Japón se eliminaba la extraterritorialidad jurídica donde los mexicanos en aquel país tendrían que acatar las leyes japonesa, así como los japoneses en México tendrían que acatar las leyes mexicanas. Por primera vez Japón lograba firmar un tratado igualitario en este sentido, el cual sirvió como precedente para futuras negociaciones del gobierno japonés. Por otra parte, el tratado permitía a los ciudadanos mexicanos el privilegio de entrar, permanecer y residir en cualquier parte del territorio japonés, un derecho que no se le había otorgado a ninguna otra nación.
Una de las consecuencias de ese acuerdo fue el flujo migratorio de Japón a México inaugurado en 1897 por migrantes enviados por el vizconde Enomoto Takeaki al Estado de Chiapas. En marzo de 1897 salió del puerto de Yokohama el primer grupo migratorio japonés con destino a México. Este grupo estaba compuesto por 28 trabajadores que viajaban bajo el estatus de colonos, más otros seis con perfil migrantes libres. El 10 de mayo de 1897 llegaron al puerto de San Benito, Chiapas (hoy Puerto Madero). De ahí se trasladaron hacia el pueblo de Escuintla, hasta llegar a los terrenos donde tenían que establecerse y trabajar. De este modo, con la llegada de un contingente de 34 japoneses llamados "Colonia Enamoto" en la región del Soconusco en el Estado de Chiapas, México se convirtió en el primer país latinoamericano en albergar la migración japonesa. El objetivo principal era que los colonos japoneses cultivaran café, sin embargo, diversos factores como el clima, la adaptación, algunas enfermedades, entre otras cosas, impidieron a que se dieran los resultados deseados. A pesar de estas adversidades, los seis migrantes libres, quienes tenían estudios en agronomía, fundaron la Sociedad Cooperativa Japonesa Mexicana, que llegó a ser una de las empresas de inmigrantes japoneses más grandes del continente americano. Para finales del siglo XIX, más de 10 mil migrantes japoneses desembarcarían en México.
Sin embargo, la primera migración japonesa tiene registro en forma individual, inició en el año de 1890. Se trata de Tatsugoro Matsumoto, maestro jardinero imperial, especializado en jardines japoneses, arreglos de rocas y cascadas. Tatsugoro Matsumoto había desembarcado en México antes de dirigirse a Perú, donde fue contratado por el Ministro de Haciendo de aquel país. Al regresar a tierras mexicanas, se traslado a la Ciudad de México, en donde estableció un negocio de florería y jardinería, en una de las zonas más lujosas de ese entonces. Desde los primeros años de su estancia en México, su maestría en el trabajo de jardinería y de florería cautivó a la altas esferas de la sociedad porfiriana, trabajó para las familias más adineradas e incluso para el presidente Porfirio Díaz. Introdujo el arte de los árboles bonsai, además de una gran variedad de especies de flores desconocidas en México como la bugambilia, los tulipanes o la jacaranda. Desde que se estableció en México, Tatsugoro Matsumoto nunca abandonó el país, murió a la edad de 94 años.
Durante las fiestas del Centenario de la Independencia de México, el gobierno de Porfirio Díaz invitó a Japón a participar en los festejos. La delegación japonesa regaló al gobierno de México un reloj monumental y dos floreros de cerámica Satsuma. El 2 de septiembre de 1910, se celebró una muestra de arte industrial japonés y de artesanías en el Palacio de Cristal, la cual fue inaugurada por el propio presidente Porfirio Díaz y el embajador japonés Kuma Horiguchi. Por esta exposición, el Palacio de Cristal fue conocido como el "Pabellón japonés". Lo que sobresalió de esta muestra fue el jardín japonés que fue instalado, además de las actividades culturales y la exhibición de equipo industrial del país asiático. El 1 de Diciembre de 1913, una vez terminadas las fiestas del Centenario y la Clausura de la Exposición Japonesa, tuvo lugar la inauguración del nuevo Museo Nacional de Historia Natural (hoy Museo Universitario del Chopo).
