El 9 de diciembre de 1874 ocurriría uno de los acontecimientos de gran relevancia para la astronomía: la aproximación del planeta Venus a la tierra. Este suceso ocurre cada siglo. Estas observaciones eran de gran importancia ya que con los datos obtenidos se podría fijar con exactitud la distancia Sol-Tierra, lo que a su vez les permitiría conocer de manera correcta las dimensiones del Sistema Solar .Por este motivo, Francisco Díaz Covarrubias, afamado científico mexicano, solicitó al presidente Sebastián Lerdo de Tejada la creación de una misión científica para poder llevar a cabo la observación astronómica. Tras varias gestiones, se creó la Comisión Astronómica Mexicana con el ingeniero Francisco Díaz Covarrubias como jefe de la expedición. El lugar escogido para realizar la investigación científica sería en Yokohama, Japón. De esta forma, el viaje de la Comisión Astronómica sería la primera expedición científica mexicana al extranjero subvencionada por el gobierno.
Tras una larga travesía, la expedición astronómica arriba en el puerto de Yokohama el 9 de noviembre de ese mismo año. Los científicos mexicanos instalaron dos campamentos en las afueras de la ciudad. Una de las estaciones astronómicas se instaló en una pequeña colina conocida como Bluff, ubicada en la zona de libre acceso a los extranjeros, por lo que no era necesario obtener autorización especial del gobierno japonés. El segundo observatorio fue instalado en la colina de Nogue-no-yama, localizada fuera del sector permitido a los extranjeros, razón por la cual Francisco Díaz Covarrubias, tuvo que solicitar permiso especial al gobierno. En esa época Japón no admitía que los extranjeros vivieran fuera del territorio permitido. Sin embargo, el Gobierno japonés no sólo autorizó al grupo de observadores mexicanos, con todas las facilidades posibles, sino a demás envió dos oficiales, un estudiante de marina y un funcionario del Ministerio de Educación, como asistentes a la observación del astro. Además, el observatorio mexicano se encontraba muy cerca de Tokio, por lo cual los observadores pudieron fácilmente fomentar amistad con funcionarios japoneses y su pueblo.
Los resultados de la expedición científica fueron exitosos. De todas las expediciones que realizaron observaciones del tránsito de Venús de 1874, la primera que presentó resultados fue la mexicana. Gracias a este viaje, la Comisión Astronómica Mexicana logró establecer contactos con varias sociedades científicas de otros países. También demostró que en México había personas con capacidad para contribuir al desarrollo de la ciencia. Otro aporte de este viaje fue la gran cantidad de noticias que los comisionados trajeron sobre Japón, su pueblo y su gobierno, así como las relaciones no oficiales que Díaz Covarrubias estableció con esas autoridades. Esas relaciones ayudaron a que pocos años después se establecieran relaciones oficiales entre ambos países con la firma del Tratado de Amistad entre México y Japón en 1888.
Los resultados del viaje de la Comisión Astronómica Mexicana a Japón y todos sus pormenores fueron publicados en un libro que posteriormente fue editado bajo el nombre de VIAJE DE LA COMISIÓN MEXICANA A JAPÓN PARA LA OBSERVACIÓN DEL TRÁNSITO DE VENUS DE 1874
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