Fate/Apocrypha narra el conflicto entre las dos facciones opuestas, Rojo y Negro, cada una convocando a siete Servants y el propio Grial convocando a un Servant especial de clase Ruler como mediador de la Guerra del Santo Grial. Estos Servants son los espíritus heroicos de personajes destacados de la Historia y la mitología.
El Saber de la facción negra es Siegfried, (Sigifrido en español), héroe de la mitología nórdica y germana. Fue un excelente guerrero, que tras matar a un dragón y bañarse con su sangre se volvió inmortal. Según El Cantar de los Nibelungos, Siegdried ganó el tesoro de los Nibelungos, así como la espada Balmung y una capa de invisibilidad que aumenta la fuerza del usuario doce veces. Para poder ganar la mano de su amada Krimilda, tuvo que ayudar al príncipe Gunther a cortejar a la valquiria Brunilda, haciéndose pasar como vasallo de él y ayudándolo a superar diversas pruebas. Tiempo después, tras enterarse Brunilda de la treta de su cortejo, conspira para asesinar a Siegfried. Con la ayuda de Hagen, medio hermano Gunther, Siegfried es atacado por traición, arremetiendo al único punto de su cuerpoque no fue bañado por la sangre del dragón. Antes de morir pudo atacar a Hagen y maldigo a la descendencia de Gunther.
El Saber de la facción roja es una versión femenina de Mordred, personaje de las leyendas artúricas como el hijo ilegítimo del Rey Arturo. Según una de estas leyendas, Arturo partió de inglaterra para enfrentarse a las tropas del emperador Lucio Tiberio de Roma, dejando a Mordred a cargo de su trono. Aprovechando la ausencia de Arturo, Mordred se corona a sí mismo como rey y se casa con Ginebra, esposa de Arturo, lo que obliga a Arturo a regresar a Gran Bretaña. Ambos se enfrentan en la batalla de Camlann, donde Mordred muere, mientras que Arturo es herido de muerte y llevado a Avalon.
El Archer de la facción negra es una versión humana de Quirón, personaje de la mitología griega. Quirón es un centauro, que a diferencia de sus congéneres, es inteligente, sabio y de buen carácter. Vivía en una cueva del monte Pelión, en Tesalia, y fue un gran educador en música, arte, caza, moral, medicina y cirugía, y tutor de varios de los héroes más destacados en la mitología griega. Entre sus discípulos destacan Aquiles, Ayax El Grande, Jasón, Jenofonte, Heracles, entre otros. Quirón muere tras recibir accidentalmente una flecha envenenada por parte de Heracles. Fue ascendido al cielo como la constelación Sagitario.
El Archer de la facción roja es Atalanta, una heroína de la mitología griega. Abandonada al nacer en el monte Partenio, fue cuidada y amamantada por una osa enviada por Artemisa hasta que fue encontrada y criada por unos cazadores. Una vez que se convirtió en una bella y ágil mujer, Atalanta decidió no casarse nunca y mantenerse virgen para consagrarse a la diosa Artemisa. Por ello, Atalanta vivía en el bosque y llegó a ser una de las cazadoras más renombradas de la mitología. Debido a que el oráculo le predigo que en el día que se casara se convertiría en animal, anunció que su esposo sería sólo aquel que lograra vencerla en una carrera. Gracias al ardid de un joven llamado Hipómenes logró conseguir la mano de Atalanta. Durante la carrera cada vez que Atalanta iba a darle alcance, Hipómenes dejaba caer una manzana de oro, regalo de afrodita, que Atalanta se detenía a recoger hechizada por su mágica belleza. La pareja vivió feliz y enamorada durante un tiempo, compartiendo cacerías y hazañas. Tuvieron un hijo al que llamaron Partenopeo. Cuando los esposos entraron en uno de los santuarios de Cibeles y consumaron allí de su amor. la diosa montó en cólera ante el sacrilegio y los transformó en dos leones unciéndolos a su propio carro para que tiraran de él.
El Lancer de la facción negra era Vlad III, conocido también como Vlad el empalador, príncipe de Valaquia entre 1456 y 1462 y un héroe nacional de Rumanía. Vlad y su hermano menor, Radu, fueron mantenidos como rehenes en el Imperio otomano en 1442 para asegurar la lealtad de su padre, Vlad Dracul, príncipe de Valaquia. Una vez que Hunyadi, regente de Hungría, destronó a Vlad Dracul y puso un gobernador títere, Vlad III intentó conquistar Valaquia con el apoyo otomano, pero fracasó. Tiempo después en 1456, realizó otro intento, pero ahora con apoyo húngaro, derrotando y matando al gobernador títere de Hunyadi. Una vez en el poder, realizó una purga entre todos los que apoyaban a sus oponentes. Vlad saqueó las aldeas sajonas, llevando a los capturados a Valaquia, donde mando a empalarlos. La paz fue restablecida en 1460. Entró un conflicto con el sultán otomano, Mehmed II. Atacó el territorio otomano y masacró a decenas de miles de turcos y búlgaros. Intentó capturar a Mehmed, pero éste logró escapar, sin embargo, logró la expulsión del ejército otomano de Valaquia. Cuando intentó conseguir ayuda del rey de Hungría en Transilvania, fue hecho prisionero. Vlad estuvo cautivo desde 1463 hasta 1475. Fue liberado a petición de Esteban III de Moldavia en el verano de 1475. Luchó en el ejército del rey de Hungría contra los otomanos en Bosnia a principios de 1476. Las tropas húngaras y moldavas lo ayudaron a que Basarab Laiotă, quien había tomado el poder en Valaquia, abandonara la región en noviembre 1476. Basarab regresó con el apoyo otomano antes de fin de año. Vlad fue asesinado en batalla antes del 10 de enero de 1477. Las anécdotas sobre su crueldad comenzaron a extenderse en Alemania e Italia y de su persona nace la leyenda del Conde Drácula.
El Lancer de la facción roja es Karna, una de las figuras centrales de la epopeya hinduista Majabhárata.. Hijo de la reina Kunti, fue abandonado en un cesto sobre río abajo en donde fue recogido y criado por Adhiratha, el cochero del rey Dhritarashtra y su esposa. Con el tiempo Karna se convirtió en un guerrero muy diestro, teniendo un papel importante en la guerra de Kurukshetra, luchando en el bando de los Kauravas en contra de los Pándavas. Forjó una amistad sincera con Duriodhana, jefe del clan de los Kaurava, siéndole siempre fiel, a pesar de que sabía de que estaba en el camino equivocado. También formó una intensa rivalidad con Áryuna, que culminaría en un duelo final entre ellos en la guerra de Kurukshetra, en la que Karna caería ante Áryuna. Karna es considerado como un héroe valiente, generoso y amable con un espíritu indomable que encara grandes adversidades durante toda su vida y muriendo con valor, coraje y honor.
El Rider de la facción negra es Astolfo, uno de los paladines de Carlomagno. Aparece como uno de los personajes principales en el poema épico caballeresco Orlando furioso. En esta historia Astolfo emprende una travesía para tratar de recupera la inteligencia perdida de Orlando y participa en la defensa de París de los invasores sarracenos. Astolfo posee varios elementos mágicos que emplea a lo largo de sus aventuras. Su lanza mágica puede derribar a sus oponentes de sus caballos con el menor toque, y su libro de magia contiene hechizos capaces de romper cualquier encantamiento. También posee un cuerno mágico cuyo sonido es tan fuerte que hace que todos los enemigos huyan aterrorizados y monta en un caballo hecho de huracanes y llamas llamado Rabicano.
El Rider de la facción roja es Aquiles, héroe de la guerra de Troya y uno de los principales protagonistas de la Ilíada de Homero. Hijo del rey Peleo y de la ninfa Tetis, fue considerado como uno de los mejores guerrero y el hombre más veloz. Fue entrenado por Quirón en donde aprendió a practicar el tiro con arco, el arte de la elocuencia y la curación de las heridas. Siendo pieza importante para la victoria de los griegos sobre Troya. Aquiles derrotó y asesinó y Héctor, príncipe troyano encargado de la defensa de su ciudad, en venganza por la muerte en sus manos de su mejor amigo Patroclo. Aquiles moriría a manos del hermano menor de Héctor, Paris, ya bien con una flecha o con un cuchillo por la espalda, según la versión de la historia. Se habría predicho que a Aquiles se le daría a escoger entre una vida corta y gloriosa o larga en años y anodina.
El Caster de la facción negra fue Salomón ibn Gabirol, también conocido como Avicebrón, un filósofo y poeta hispanojudio andalusí. Fue autor de numerosos panegíricos y elegías, pero también cultivó la sátira y el autoelogio, que eran géneros habituales entonces entre los poetas árabes, pero no entre los hebreos. También escribió abundante poesía religiosa, además compuso dos célebres tratados en lengua árabe. El primero es de carácter filosófico, y el segundo se ocupa de la ética y la moral y es de orientación ascética.
El Caster de la facción roja William Shakespeare, afamado dramaturgo, poeta y actor inglés. Shakespeare es considerado el escritor más importante en lengua inglesa y uno de los más célebres de la literatura universal. Las comedias y tragedias de William Shakespeare han sido traducidas a las principales lenguas del mundo.
El Berserker de la facción negra es una versión femenina del monstruo de Frankenstein, personaje de ficción que aparece en la novela de Mary Shelley, Frankenstein o el moderno Prometeo. Se trata de un ser creado a partir de partes diferentes de cadáveres, al cual le es otorgada la vida por su creador, Víctor Frankenstein, durante un experimento. En la novela, el monstruo aparece como una criatura humanoide de enorme estatura. De forma premeditada, los detalles del proceso de su creación se dejan imprecisos, aunque resulta implícito que su creador se valió de fragmentos de cadáveres procedentes de las salas de disección, patíbulos y mataderos.
El Berserker de la facción roja es Espartaco, quien fue un esclavo de origen tracio que dirigió la rebelión más importante contra la Roma en la península itálica ocurrida entre los años 73 a. C. y 71 a. C., conocida como tercera guerra servil, guerra de los Esclavos o guerra de los Gladiadores. Espartaco, junto con otros esclavos gladiadores, idearon un plan de escape que desencadenó en un estallido en toda la península. Se les unían esclavos fugitivos de todas partes, conformándose de esta manera un ejército que fue creciendo hasta lograr una fuerza de ciento veinte mil personas. Tras numerosas victorias, y a punto de obtener la libertad cruzando los Alpes, regresaron para sitiar Roma. La guerra culminó finalmente en 71 a. C. en la Batalla de Río Silario en donde gran parte de las fuerzas rebeldes fueron aniquiladas. El cuerpo de Espartaco jamás fue encontrado. Algunos sobrevivientes lograron escapar mientras que otros fueron capturados y crucificados.
El Assassin de la facción negra es una niña que representa a Jack el Destripador (Jack the Ripper en inglés), nombre con el cual es conocido un asesino serial al cual se le atribuyen al menos cinco homicidios en el barrio londinense de Whitechapel (East End) en 1888, y cuyo modus operandi estuvo caracterizado por cortes en la garganta, mutilaciones en las áreas genital y abdominal, extirpación de órganos y desfiguración del rostro de mujeres. A pesar de la ardua investigación policial que se realizó, el autor de los crímenes nunca fue identificado.
El Assassin de la facción roja es Semíramis, la mítica reina de Asiria y esposa del rey Ninus. Tras la muerte de su esposo Semíramis se encargó del gobierno del imperio, que según el mito, logró extender hasta Etiopía y la India, erigiendo un monumento funerario a la memoria de Ninus, cerca de Babilonia. Se le atribuye la fundación de numerosas ciudades y la construcción de maravillosos edificios en Babilonia, con sus palacios y hermosos jardines colgantes, inclusive la construcción de un túnel bajo el río Éufrates. Conquistó Egipto y según la leyenda ascendió al cielo en forma de paloma, dejando a su hijo al mando del imperio.
La clase Ruler de esta historia es Juana de Arco (Jeanne d'Arc en francés), una heroína militar francesa, que posteriormente fue santificada. Conocida también como la Doncella de Orleáns, nació en Domrémy el 6 de enero de 1412. Con tan sólo 17 años, encabezó el ejército francés durante la Guerra de los Cien Años. Tras convencer al rey Carlos VII de expulsar a los ingleses de Francia. Juana de Arco dirigió al ejército real francés en el sitio de Orleáns, la batalla de Patay y otros enfrentamientos que tuvieron lugar entre 1429 y 1430. Gracias a estas campañas militares, el poder de Carlos VII se revitalizó, permitiendo así su coronación. Posteriormente, Juana fue capturada por los borgoñones y entregada a los ingleses. Los clérigos la condenaron por herejía y fue quemada viva en Ruan, al noroeste de Francia. Después de veinticinco de su condena, el rey Carlos VII instigó a la Iglesia a que revisara el juicio inquisitorial de Juana de Arco, sin embargo el papa Nicolás V se negó hacerlo. Su sucesor, el papa Calixto III reabrió el caso y reconoció la inocencia de Juana de Arco y se declaró herejes a los jueces que la habían condenado. En 1909 fue beatificada por el papa san Pío X y posteriormente declarada santa en 1920 por el papa Benedicto XV.
El otro personaje de la clase Ruler es Shirō Amakusa, también conocido como Masuda Shirō Tokisada, quien fue el líder de los insurgentes que protagonizaron la rebelión de Shimabara, la amenaza más seria que enfrentó el shogunato Tokugawa. Amakusa Shirō lideró la defensa del castillo Hara y murió cuando el castillo cayó derrotado, también fallecieron junto a él otros defensores que lo acompañaban. La Rebelión de Shimabara fue un levantamiento armado de campesinos japoneses, principalmente cristianos católicos, en el periodo Edo que se sublevaron contra los señores feudales.
