España, después de conquistar las Filipinas realizaba todo tipo de intercambio con Oriente a través de la Nueva España, actualmente México. En 1561 Fray Andrés de Urdaneta recibió ordenes de que, siguiendo la ruta de Acapulco a las Filipinas, buscara unas islas que debieran estar entre el continente americano y Asia, en especial aquellas islas japonesas ricas en oro y plata.
Sin embargo, fue hasta enero de 1564 cuando Fray Andrés de Urdaneta zarpó del puerto Barra de Navidad con la flota de expedición dirigida por Miguel López de Lagaspi, y con la orden de la Audiencia de México, de que en caso de encontrar dichas islas, deberían tratar amistosamente sus habitantes, quienes ya tenían fama de ser excelentes trabajadores.
En el año de 1567, Legaspi envió al Rey de España, Felipe IX el informe que existían grandes islas en Filipinas, como Luzón y Midoro, mismas que fueron colonizadas por su expedición, donde chinos y japoneses llegaban para fomentar su comercio. En 1575, Juan Pacheco Maldonado informó a Felipe II sobre el comercio que realizaba Japón en Filipinas. Este era muy extenso, con variados artículos de intercambio, ya que los barcos japoneses que llegaban a Manila llevaban trigo, carne salada, cuchillería, biombos, jaulas, vasijas con dibujos de oro sobre laca, abanicos de papel, etc. Al regresar, su carga consistía en oro, piel de venado, vasijas de barro, ahuizcle, seda cruda, vino, espejos y otras mercancías europeas que habían sido enviadas desde México.
En 1609, Don Rodrigo de Vivero, Gobernador de las Filipinas en su viaje de regreso a México, naufragó frente a las costas del Japón. Los japoneses auxiliaron a 370 náufragos y les brindaron su hospitalidad durante el tiempo que hubieron de permanecer en Japón. Asimismo Vivero fue recibido por el segundo Shogun Tokugawa en el Estado actual de Tokio, y posteriormente, se entrevistó con Ieyasu (fundador del Shogunato Tokugawa) en Sumpu, actual prefectura de Shizuoka. En la segunda entrevista que Vivero tuvo con las autoridades del gobierno japonés, se hicieron negociaciones sobre intercambio comercial, navegación, cooperación técnica y sobre divulgación de la fe Cristiana. Vivero solicitó que en la costa oriental de Japón se construyera una factoría con instalaciones de almacenes y astilleros para los barcos españoles. También requirió que se construyeran templos para ser atendidos por los misioneros españoles, y que a todas las delegaciones enviadas el Rey de España les fuera dispensado un trato honroso, así como se prestara toda la ayuda necesaria a los españoles en caso de naufragio. Además demandó que se expulsaran a los holandeses de la isla con quienes Japón mantenía tratos comerciales.
Ieyasu pidió a Vivero la apertura del comercio con España, y el envío de mineros especialistas en plata, pilotos y marineros de la Nueva España, ya que en esa época Japón carecía de la tecnología occidental y prácticamente se encontraba en desventaja en cuando al desarrollo de dichas técnicas.
Después de permanecer por un tiempo visitando las islas japoneses, Vivero partió con su misión y con algunos japoneses del puerto de Uraga hacia Acapulco, en el Barco de San Buenaventura de 120 toneladas.
Luis de Velazco II, Virrey de la Nueva España dio una buena acogida a los jóvenes que llegaron con Rodrigo de Vivero en México, y convocó a su consejo, en donde se discutió el envío de la expedición para descubrir las fabulosas islas abundantes en oro y plata, que suponían existir en Japón. En esta junta se decidió enviar una misión bajo el mando de Sebastián Vizcaino, en viaje directo al Japón, para sgrandecer a Ieyasu e Hidetada la hospitalidad brindada a Vivero y devolver los cuatro mil ducados que Vivero debía al Japón, además del costo del Barco de Buenaventura.
Vizcaíno salió de Acapulco el 22 de marzo de 1611y llegó a Uraga el 10 de junio del mismo año, llevando consigo la respuesta del virrey a la carta de Ieyasu, los retratos del Rey de España, de la Reina y del Príncipe, también regalos, entre otros un reloj hecho en Madrid en 1581, el primero que se vio en Japón y que actualmente forma parte del tesoro del templo Toshogu del monte Kuno. Después de su visita a Edo y Sumpu, Vizcaíno organizó una expedición para emprender la infructuosa búsqueda de las "islas ricas de oro y plata". Además la situación política japonesa había cambiado notablemente, comparada cuando estuvo Vivero, de modo que Vizcaíno no pudo concretar nada en sus negociaciones.
De acuerdo con el consejo de los jesuitas que ya se encontraban instalados en Japón para el ejercicio de su misión, tres daimyos de Kyushu, organizaron la primera embajada japonesa a Europa, la cual se dirigió a través de la ruta Macao, Molucas, India y Cabo de Buena Esperanza, exclusivamente a Portugal y a Roma. Por otra parte, el fraile franciscano Luis Sotelo propuso a Masumune Date, daimyo de noreste de Japón , una nueva embajada en la Nueva España y Europa. Masamune aceptó su propuesta y mandó una delegación del Virrey en Nueva España, al Rey de España y al Sumo Pontífice, con la idea de que fueran enviados frailes de la Orden de San Francisco para la conversión de sus vasallos al cristianismo, y también la posibilidad de adquirir los conocimientos de la tecnología de las minas mexicanas de plata. Este grupo estaba constituido por tres frailes franciscanos, entre ellos Sotelo, y ciento ochenta japoneses encabezados por Rokuemon Tsunenaga Hasekura.
La misión de Hasekura zarpó el 28 de octubre de 1613 del puerto de Tsukino-Ura en el barco de Mutsu-maru, llamado por los españoles San Juan Bautista, y arribó a Acapulco el 25 de enero de 1614. De ahí se trasladaron a la capital mexicana en donde el Virrey Diego Fernández de Córdoba recibió afectuosamente al grupo encabezado por Hasekura. En esta ocasión le entregó la Carta de Masumune Data con sus proposiciones, entre varias de las cuales requería, misioneros cristianos de la orden franciscana para la evangelización de sus vasallos, pilotos y marinos, libre comercio recíproco de artículos japoneses entre México y Japón, y prometía que expulsaría a los ingleses y holandeses enemigos del Rey de España que llegaran a sus dominios.
La respuesta del Virrey a la propuesta de Masumune Date, fue con cierta reserva, ya que debería esperar la resolución de Madrid a este asunto. La recepción que por su parte ofreció a la delegación japonesa, fue en una casa cercana a la Iglesia de San Francisco de la Ciudad de México, donde les brindó alojamiento. Precisamente en esta iglesia, fueron bautizados 78 integrantes del grupo y confirmados por el Arzobispo, a excepción de Hasekura, quien sería bautizado posteriormente en Madrid. Dos meses más tarde, Hasekura, Sotelo y sus 20 acompañantes japoneses partieron para Europa, y en su viaje a Veracruz pasaron por las Ciudades de Puebla y Jalapa donde fueron recibidos por grandes fiestas y agasajos. Su salida de Veracruz, junto con junto con Sotelo y parte de su misión, fue el 10 de junio de 1614, pasando por la Habana, para llegar a Sevilla el 5 de octubre de ese mismo año.
Dos años después de su salida hacia Europa, Hasekura volvió a México en febrero de 1617 para seguir su viaje de regreso al Japón. Al llegar a Acapulco, fue recibido con entusiasmo por la mayoría de la misión que había quedado en la Nueva España, y encontró que algunos de ellos se habían establecido formando familia en México. Hasekura llamó la atención por la forma de verle vestido a la usanza cortesana de los nobles españoles. La embajada de Hasekura, acompañado por Sotelo, finalmente zarpó en abril de 1618 con destino a Manila. Cuando llegó al Japón encontró que la religión cristiana había sido rigurosamente prohibida y tuvieron que renunciar a la religión católica y al bautismo que habían recibido en su visita a la corte española.
Los primeros intentos por establecer relaciones comerciales y amistosas entre Japón y México terminaron en fracaso. México no estaba entonces en posibilidades de contestar inmediatamente y positivamente a la solicitud japonesa por estar sujeto a las disposiciones del rey español y por la envidias de los residentes en Manila y Madrid. Por otra parte, impidió el desarrollo de las incipientes relaciones comerciales con la Nueva España, la lucha de holandeses e ingleses por monopolizar el comercio con Japón, que ya conocían también la rivalidad que existía entre españoles y portugueses en lo comercial y lo religioso.
En 1639 Japón optó por la política de aislamiento nacional, con lo cual prohibió el comercio con el extranjero, exceptuando el de los holandeses y de los chinos de Dejima en Nagasaki. Los japoneses no podrían salir del territorio y quienes se encontraban en el extranjero no podían regresar. Japón se sumió prácticamente en un ostracismo completo. La única lengua europea que se mantuvo vigente fue la holandesa. En la historia de la medicina se dice que hubo una época en que la curiosidad científica llevó a los médicos del Japón a aprender este idioma, para poder comprender los textos holandeses desde diserción que habían llegada sus manos y que diferían enormemente de los textos chinos que hasta entonces eran conocidos por ellos, hecho que en cierta forma marcó los inicios del encuentro con la civilización y cultura occidental.
En el año de 1709, fue publicado en Japón un libro titulado Kai-tsusho-ko de Zyoken Nishikawa sobre geografía mundial. En el capítulo correspondiente a México se mencionaba un ave, quizá el pavo o el guajolote; se decía también que había cien mil casas particulares y que la tierra era muy fértil. Aunque México no tuvo contacto con Japón durante 99 años el franciscano Melchor Ollanguren, que por muchos años fue agente de comunicaciones de Filipinas, publicó en México una gramática para el aprendizaje de la lengua japonesa.
En 1841, el barco Eiju Maru fue sorprendido por una tempestad en su viaje a Oshu, región del noreste del Japón. Durante 120 días flotó a la deriva hasta el sureste, hasta que un barco español lo rescató y lo llevó a la península de Baja California de Baja California. Hatsutaro y otros doce japoneses desembarcaron en el Cabo de San Lucas, en donde permanecieron hasta ser llevados a San José California, lugar donde vivieron casi 7 meses. Los japoneses fueron alojados en casas particulares y recibieron una cordial atención. La familia que se encargo de atender a Hatsutaro, lo trató con particular afecto, enseñándole a leer y a escribir español. Estos hechos. a pesar de las barreras que existían y que limitaban las relaciones demostraron, sin duda, el deseo que tenían ambos pueblos de conocerse mutuamente.
Con motivo de la aproximación del planeta Venus a la tierra, cuya máxima cercanía ocurriría el día 9 de diciembre de 1874, científicos de Inglaterra, Estados Unidos, Francia se citaron en la ciudad de Nagasaki, Japón para observar el fenómeno. Asimismo, el Subsecretario de Comunicaciones de México, el Sr. Díaz Covarrubias viajó a Japón a principios de noviembre con tal propósito, pero en virtud de haber llegado con atraso para dirigirse a Nagasaki, tuvo que establecer su observatorio en Yokohama.
Japón no admitía en aquel tiempo que los extranjeros vivieran fuera del territorio de concesión. Sin embargo, el Gobierno japonés no sólo autorizó al grupo de observadores mexicanos, con todas las facilidades posibles, sino a demás envió dos oficiales, un estudiante de marina y un funcionario del Ministerio de Educación, como asistentes a la observación del astro. El observatorio de México se encontraba muy cerca de Tokio, por lo cual los observadores mexicanos pudieron fácilmente fomentar amistad con funcionarios japoneses y su pueblo. A la sazón, en México se discutía el plan de introducir algunos inmigrantes y Covarrubias en su informe insistió en que debieran ser japoneses, ya que el había podido apreciar que era gente laboriosa, inteligente y cortés.
En el año de 1853, el Comandante Matthew C. Perry de los Estados Unidos, entró por primera vez en la bahía de Tokio con una escuadra de cuatro barcos con el propósito de convencer a los japoneses que cesaran su política de aislamiento. Posteriormente regreso al año siguiente y concretó con Japón un trato de amistad. A continuación, en el mismo año se firmaron tratados similares con Rusia, Gran Bretaña y los países Bajos, de esta forma Japón se abrió nuevamente al intercambio internacional. Estos tratados se cambiaron cuatro años más tarde por tratados comerciales con las grandes potencias occidentales. Sin embargo, en el tratado comercial con los Estados Unidos, Japón les concedió la extraterritorialidad para sus nacionales y condiciones un tanto inequitativas en lo referente a las tarifas arancelarias. Es así, de acuerdo con la cláusula de la nación más favorecida, Japón se vio obligado en tener que acordar las mismas concesiones en los tratados con otros países, con la cual sufrió un rigurosa restricción jurisdiccional y aduanal, en detrimento de sus propios derechos.
Desde el inicio de la época Meiji, Japón se sintió perjudicado a causa de esos tratados desiguales. En cambio, México al negociar un Tratado con Japón en 1889, estuvo de acuerdo a renunciar al derecho de extraterritorialidad y concedió el derecho de fijar tarifas aduanales firmando un Tratado de igualdad con el Japón.
Hasta entonces, el Japón como única forma de resistencia contra la desigualdad, no permitía que los extranjeros vivieran en el interior del país, pero por el Tratado en términos de igualdad, suscrito con México , se permitió que los ciudadanos mexicanos pudieran establecerse, residir y viajar en todo el territorio japonés, y que se dedicaran al comercio, obedeciendo las leyes del país.
Para Japón, éste fue el primer Tratado de Igualdad concluido con países extranjeros, y gracias a él pudo negociar y establecer términos de igualdad en los tratados con otros países. Actualmente, las relaciones entre estas naciones, abarca facetas tanto en el ámbito político, como económico y social.
