Tras la firma del Tratado de Amistad entre México y Japón en 1888, ambas naciones establecieron formalmente una relación diplomática y comercial. De esta manera se facilitó y promovió la inmigración japonesa hacia tierras mexicanas. Enomoto Takeaki, quien fuera ministro de Asuntos Exteriores de Japón, fue uno de los principales promotores de la inmigración japonesa hacia México. Así, en 1897, zarpa desde Japón el primer grupo inmigrantes japoneses que se establecerían tiempo después en Chiapas. Esta colonia sería la primera que se fundaría en México y América Latina. Asentados muy cerca del pueblo de Escuintla, los japoneses intentaron cultivar café, sin embargo, la época en la que llegaron no era la adecuada para iniciar el cultivo. También, las semillas de café que consiguieron, no eran las ideales para el tipo de tierra de la región. A partir de ese momento, la colonia japonesa tuvo que soportar grandes penalidades, ya que sufrieron enfermedades típicas del trópico, además de soportar las abundantes lluvias y calor extremo. Al mismo tiempo tenían que enfrentarse al hecho que sus reservas de alimentos empezaban a escasear y de que no podían sacarle provecho a sus tierras. Tras tres años, la colonia se desintegró, sin embargo, seis migrantes japoneses, quienes tenían estudios de agronomía, decidieron quedarse en el vecino pueblo de Escuintla y fundar la Sociedad Cooperativa Japonesa Mexicana, que llegó a ser una de las empresas creadas por inmigrantes japoneses más poderosas del continente americano.
Durante los primeros años del siglo XX se planearon varios proyectos de colonización japonesa en México, sin embargo, ninguno llegó a concretarse. No obstante, en ese mismo lapso de tiempo, mas de diez mil inmigrantes japoneses llegarían a tierras mexicanas. Tras el auge de las industrias mineras, cañera y ferrocarrileras durante el porfiriato, varias compañías necesitaron mano de obra para atender sus crecientes necesidades, de este modo, miles de japoneses y chinos, llegaron a trabajar a estas industrias. Muy pocos se quedaron en México, ya que el objetivo de la mayoría era ingresar hacia los Estados Unidos, donde ofrecían mejores salarios y condiciones de trabajo. Sin embargo, algunos tuvieron que regresar a México, debido al clima de xenofobia y discriminación que sufrieron los japones en Estados Unidos y en otros países durante los primeros años del siglo XX.
A partir de la segunda década del siglo XX empiezan a llegar a México japoneses con estudios en medicina, farmacéutica, odontología y veterinaria. Estos médicos japoneses, a pesar que que muchos aún no obtenían su título profesional, llegarían a cubrir la falta de personal médicos en las zonas agrícolas y rurales, debido a los estragos ocasionados por la revolución mexicana. Tras el estallido de la Segunda Guerra Mundial este grupo disminuyó considerablemente.
Tras el estallido de la Segunda Guerra Mundial, por exigencia de los Estados Unidos, el gobierno mexicano concentró a todos los japones y sus descendientes en el país en la Ciudad de México y Guadalajara. Además rompió lazos comerciales y diplomáticos con Japón. A diferencia de otros países como los Estados Unidos o Perú, en México no sufrieron maltrato físico y tenían prácticamente libertad de tránsito. Sin embargo les fueron confiscados sus bienes, provocando la quiebra de muchos negocios y comercio. A pesar de esto, gracias a la ayuda de los comités de ayuda mutua creados por los mismos japones consiguió mantener las relaciones sociales entre ambos países, incluyendo a importantes políticos mexicanos, a pesar que a nivel gubernamental, las relaciones estaban rotas oficialmente. Al terminar la guerra, el gobierno mexicano reintegró los bienes a los japoneses y a sus descendientes.
Durante la segunda mitad del siglo XX, hubo un aumento de inversión de capital japonés, estableciéndose en el país varias empresas transnacionales niponas. De esta forma empezaron a llegar técnicos japones quienes inmigraban al país para trabajar en estas nuevas industrias. Actualmente, se estima que hay aproximadamente unos 30.000 japoneses o descendientes de japoneses residiendo en México.